Микроскопы внесены в реестр и могут быть использованы в различных областях медицины (гематологии, дерматологии, урологии, пульмонологии и т. д.), при диагностических исследованиях в клиниках и больницах, а также в биологии, зоологии, экологии и др.
Поляризационные микроскопы предназначены для анализа анизотропных объектов (т.е. имеющих неоднородные оптические свойства) в поляризованном свете. Одним из элементов поляризационного микроскопа является поляризатор, установленный между источником света и объектом. Поляризованный свет нередко позволяет выявлять структуру объектов, лежащую за пределами обычного оптического разрешения.
Фазовоконтрастные микроскопы предназначены для анализа малоконтрастных объектов по методу фазового контраста, представляет из себя микроскопы проходящего или отраженного света с фазовыми объективами и фазово-контрастным устройством.
Люминесцентные микроскопы- это микроскопы отраженного света плоского поля предназначены для исследования непрозрачных объектов с различной степенью отражающей способности и полупрозрачных объектов.
Инвертированные микроскопы - это микроскопы для исследования габаритных объектов или объектов, расположенные в специальной посуде (чашках Петри, колбах). Кроме того, на инвертированных микроскопах можно производить работы с объектом при помощи специальных устройств — манипуляторов.
Стереоскопические микроскопы - это микроскопы отраженного и проходящего света плоского поля предназначены для исследования непрозрачных объектов с различной степенью отражающей способности и полупрозрачных объектов. С помощью стереомикроскопа производятся наблюдения объекта по методу светлого поля: на светлом поле наблюдается объемное изображение контрастного однотонного или естественного цветного объекта.